Reconstruction de novo ou reséquençage de génomes viraux, bactériens ou fongiques (DNA-seq ou RNA-seq)

Pathogen Discovery

Viroscan3D propose des prestations de séquençage, reséquençage et séquençage de novo, de génomes viraux, bactériens, vaccinaux, fongiques (technologie NGS Illumina ; Nanopore) par  DNA-seq ou RNA-seq.

Nous proposons un pipeline complet, du design de l’étude de votre projet, au séquençage jusqu’à l’analyse bio-informatique des données  avec une sécurité absolue dans l’accompagnement de vos projets : nous analysons à notre charge la meilleure stratégie de réponse : nécessité ou non d’enrichir préalablement la population à analyser, meilleure stratégie d’amplification, couverture, profondeur et coût, stratégie d’analyse et ce quelque soit l’échantillon : de mauvaise qualité ou en faible quantité.

Nous vous garantissons la meilleure décision pour le meilleur résultat.

Séquençage génomes viraux, bactériens, vaccinaux, fungiques

Nature des échantillons traités

ADN (pour les virus ADN, les bactéries et les champignons) ou ARN (pour les virus ARN) provenant de surnageants viraux ou de cultures bactériennes ou fungiques, ou provenant de prélèvements biologiques.

Services

  • Aide au plan expérimental
  • Extraction des acides nucléiques
  • Construction des librairies pour séquençage court-fragments et/ou longs fragments, quantification et validation des librairies, séquençage courts fragments Illumina en paired-end et/ou longs fragments Nanopore MinION.
  • Analyse primaire des données : génération des fichiers fastq et démultiplexage
  • Analyse secondaire des données : Alignement des reads sur le génome de la souche d’intérêt, reconstruction selon le génome référence ou de novo, reconstruction hybride courts fragments et longs fragments si nécessaire.

Livrables

  • Rapport d’analyse
  • Données brutes de séquençage
    Fichier fasta du génome reconstruit

Analysons ensemble
vos besoins.

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