Reconstruction de novo ou reséquençage de génomes viraux, bactériens ou fongiques (DNA-seq ou RNA-seq)

Pathogen Discovery

Viroscan3D propose des prestations de reconstruction de novo ou de reséquençage de génomes viraux, bactérien ou fongiques par NGS Illumina court fragments et/ou Nanopore MinION longs fragments (DNA-seq ou RNA-seq).
Nous proposons un pipeline complet, du design de l’étude jusqu’à l’analyse bio-informatique des données sur notre serveur de calcul, pour répondre à votre problématique.

Applications

Caractériser la séquence de génomes viraux, bactériens ou fongiques.

Icon pathogen discovery

Nature des échantillons traités

ADN (pour les virus ADN, les bactéries et les champignons) ou ARN (pour les virus ARN) provenant de surnageants viraux ou de cultures bactériennes ou fungiques, ou provenant de prélèvements biologiques.

Services

  • Aide au plan expérimental
  • Extraction des acides nucléiques
  • Construction des librairies pour séquençage court-fragments et/ou longs fragments, quantification et validation des librairies, séquençage courts fragments Illumina en paired-end et/ou longs fragments Nanopore MinION.
  • Analyse primaire des données : génération des fichiers fastq et démultiplexage
  • Analyse secondaire des données : Alignement des reads sur le génome de la souche d’intérêt, reconstruction selon le génome référence ou de novo, reconstruction hybride courts fragments et longs fragments si nécessaire.

Livrables

  • Rapport d’analyse
  • Données brutes de séquençage
    Fichier fasta du génome reconstruit

Analysons ensemble
vos besoins.

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