Études de casMetagenomic
Problématique du client
Comparer la composition du microbiote cutané selon 2 conditions : avec ou sans un traitement candidat.
Notre solution
A partir d’écouvillons cutanés, amplification et séquençage des régions v1-v3 du gêne codant l’ARN 16S avec identification des bactéries par analyse bio-informatique des données.
Prestations réalisées
1Préparation du Projet
Problématique client
- Réunion avec le client pour échanger sur les problématiques
Proposition au client
- Proposition technique pouvant inclure une analyse bibliographique
Descriptif projet
- Validation de la proposition par le client
- Rédaction du Descriptif Projet détaillant la proposition technique : technologie, kit, profondeur, couverture…
2Partie Biologique
Extraction ADN
- À partir des écouvillons cutanés
QC ADN
- Quantification par fluorométrie
- Qualification par électrophorèse capillaire
Librairies des séquençages
- Génération des amplicons 16S
- Indexage et ajout des adaptateurs de séquençage
QC des librairies
- Quantification par fluorométrie
- Qualification par électrophorèse capillaire
Séquençages
- Normalisation des échantillons
- Runs de séquençage MiSeq
3Analyse Primaire
Démultiplexage
Génération des fastq
QC des reads
4Analyse Secondaire
Assignation taximonique
- Détection des OTU
- Composition en bactéries de chaque échantillon
Assignation de la diversité
- Analyse de l’alpha diversité
- Analyse de la beta diversité
Analyse différentielle d'abondance
- Comparaison de la composition en bactéries des différents groupes
5Résultats
Livrables
- Rapports d’analyses comprenant des QC et les données analysées
- Tableau de la composition en bactéries
- Tableau des différentiels d’abondance
- Fichiers fastq bruts
Rendu des résultats
- Présentation des résultats et réponses aux questions
S.A.V.
- Analyses complémentaires si besoin
- Aide à la rédaction d’articles