Études de casSuivi génomes viraux
Etude de la stabilité génétique de différentes souches d’un virus ARN après plusieurs passages de culture cellulaire.
Notre solution
A partir de surnageants viraux : séquençage du génome ARN des souches virales puis analyse bio-informatique des mutations par rapport au génome de référence avec prédiction de l’impact de ces mutations sur la séquence protéique.
Prestations réalisées
1Préparation du Projet
Problématique du client
- Réunion avec le client pour échanger sur sa problématique
Proposition au client
- Proposition technique pouvant inclure une analyse bibliographique
Descriptif du projet
- Validation de la proposition par le client
- Rédaction du Descriptif Projet détaillant la proposition technique : technologie, kit, profondeur, couverture, …
2Partie Biologique
Extraction ARN
- A partir de surnageants viraux
CQ acides nucléiques
- Quantification par fluorométrie
- Qualification par électrophorèse capillaire
Librairies de séquençage ARN
QC des librairies
- Quantification par fluorométrie
- Qualification par électrophorèse capillaire
Séquençage
- Normalisation des échantillons
- Runs de séquençage NextSeq
3Analyse Primaire
Démultiplexage
Génération des fastq
QC des reads
4Analyse Secondaire
Elimination hôte
- Élimination des séquence de l’hôte : alignement des reads contre la séquence génome référence
Reconstruction génomes viraux
- Reconstruction du génome des souches selon la référence ou par un assemblage de novo
- Génération d’une séquence consensus par échantillon
Analyse mutations
- Identification des mutations par comparaison avec la séquence de référence
Prédiction impact protéique
- Prédiction de l’impact des mutations sur la séquence proétique (PROVEAN score)
5Résultats
Livrables
- Rapports d’analyses comprenant les QC et les données analysées
- Tableau de reconstruction du génome viral
- Tableau des InDel (insertions et délétions)
- Fichiers fastq bruts
Rendu des résultats
- Présentation des résultats et réponses aux questions
S.A.V.
- Analyses complémentaires si besoin
- Aide à la rédaction d’articles ou des documents réglementaires