Études de casSuivi génomes viraux

Etude la stabilité génétique de différentes souches d’un virus ARN après plusieurs passages de culture cellulaire.

Notre solution

A partir de surnageants viraux : séquençage du génome ARN des souches virales puis analyse bio-informatique des mutations par rapport au génome de référence avec prédiction de l’impact de ces mutations sur la séquence protéique.

Prestations réalisées

1Préparation du Projet

Problématique du client
  • Réunion avec le client pour échanger sur sa problématique
Proposition au client
  • Proposition technique pouvant inclure une analyse bibliographique
Descriptif du projet
  • Validation de la proposition par le client
  • Rédaction du Descriptif Projet détaillant la proposition technique : technologie, kit, profondeur, couverture, …

2Partie Biologique

Extraction ARN
  • A partir de surnageants viraux
CQ acides nucléiques
  • Quantification par fluorométrie
  • Qualification par électrophorèse capillaire

Bouton +

Librairies de séquençage ARN
QC des librairies
  • Quantification par fluorométrie
  • Qualification par électrophorèse capillaire

Bouton +

Séquençage
  • Normalisation des échantillons
  • Runs de séquençage NextSeq

Bouton +

3Analyse Primaire

Démultiplexage
Génération des fastq
QC des reads

Bouton +

4Analyse Secondaire

Elimination hôte
  • Élimination des séquence de l’hôte : alignement des reads contre la séquence génome référence
Reconstruction génomes viraux
  • Reconstruction du génome des souches selon la référence ou par un assemblage de novo
  • Génération d’une séquence consensus par échantillon

Bouton +

Analyse mutations
  • Identification des mutations par comparaison avec la séquence de référence
Prédiction impact protéique
  • Prédiction de l’impact des mutations sur la séquence proétique (PROVEAN score)

5Résultats

Livrables
Rendu des résultats
  • Présentation des résultats et réponses aux questions
S.A.V.
  • Analyses complémentaires si besoin
  • Aide à la rédaction d’articles ou des documents réglementaires