Études de casRecherche d’agents contaminants

Recherche sans à priori de la présence d’agents contaminants au sein d’un master seed viral vaccinal.

Notre solution

A partir d’un MasterSeed => séquençage « shotgun » des ADN simple brin et double brin, des ARN puis identification des séquences virales et bactériennes par analyse bio-informatique.

Prestations réalisées

1Préparation du Projet

Problématique du client
  • Réunion avec le client
Proposition au client
  • Proposition technique pour inclure une analyse bibliographique
Descriptif projet
  • Validation de la proposition par le client
  • Rédaction du Descriptif Projet détaillant la proposition technique : technologie, kit, profondeur, couverture, …

2Partie Biologique

Extraction acides nucléiques
  • A partir de Master Seed
QC des acides nucléiques
  • Quantification par fluorométrie
  • Qualification par électrophorèse capillaire

Bouton +

Librairies de séquençage ADN
  • Traitement Rnase
  • Conversion des ADNsb en ADNdb
  • Fragmentation des ADNdb
  • Indexage des échantillons
  • Amplification des fragments d’ADN

Bouton +

Librairies de séquençage ARN
  • Traitement Dnase
  • Amplification des ARN
  • Fragmentation des ARN
  • Indexage des échantillons

Bouton +

QC des librairies
  • Quantification par fluorométrie
  • Qualification par électrophorèse capillaire
Séquençage
  • Normalisation des échantillons
  • Runs de séquençage NextSeq

3Analyse Primaire

Démultiplexage
Génération des fastq
QC des reads

Bouton +

4Analyse Secondaire

Élimination hôte
  • Élimination des séquençages de l’hôte par alignement des reads contre la séquence du génome référence.
Contaminants viraux
  • Alignements des reads restant contre la base de données virale
  • Identification des contaminants viraux
Contaminants bactériens
  • Alignements des reads restant contre la base de données bactérienne
  • Identification des contaminants bactériens

 

5Résultats

Livrables
  • Rapports d’analyses comprenant les QC et les données analysées
  • Tableau de reconstruction du génome viral
  • Tableau des InDel (insertions et délétions)
  • Fichiers fastq bruts
Rendu des résultats
  • Présentation des résultats et réponses aux questions
S.A.V.
  • Analyses complémentaires si besoin
  • Aide à la rédaction d’articles ou des documents réglementaires