Séquençage et recherche de génotypes, mutations de résistance, quasi-espèces (DNA-seq ou RNA-seq)

Pathogen Discovery

Viroscan3D propose des prestations de séquençage et de recherche de génotypes, de mutations de résistance et de quasi-espèces virales par NGS Illumina court fragments et/ou Nanopore MinION longs fragments (DNA-seq ou RNA-seq).
Nous proposons un pipeline complet, du design de l’étude jusqu’à l’analyse bio-informatique des données sur notre serveur de calcul, pour répondre à votre problématique.

Applications

Identifier des génotypes viraux, des mutations de résistance thérapeutiques ou suivre l’apparition et l’évolution de quasi-espèces virales.

Icon pathogen discovery

Nature des échantillons traités

ADN (pour les virus ADN) ou ARN (pour les virus ARN) provenant de surnageants ou de prélèvements biologiques.

Services

  • Aide au plan expérimental
  • Extraction des acides nucléiques
  • Construction des librairies pour séquençage court-fragments, quantification et validation des librairies, séquençage courts fragments Illumina en paired-end et/ou longs fragments Nanopore MinION.
  • Analyse primaire des données : génération des fichiers fastq et démultiplexage
  • Analyse secondaire des données : Alignement des reads sur le génome de la souche d’intérêt, reconstruction selon le génome référence, reconstruction hybride courts fragments et longs fragments si nécessaire, analyse des mutations selon le génome référence, identification de mutations de résistance selon la bibliographie.

Livrables

  • Rapport d’analyse
  • Données brutes de séquençage
  • Fichiers fasta du génome reconstruit
  • Tableau listant les mutations de résistance, ou les mutations des différentes quasi-espèces virales

Analysons ensemble
vos besoins.

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