Séquençage et analyse de métagénomes : amplicons (16S, 18S, ITS) ou whole genome

Viroscan3D propose des prestations de séquençage et d’analyse de métagénomes par amplicons (16S, 18S, ITS), Rad-Seq ou whole genome.

Ces prestations visent à étudier le contenu génétique (ADN) d’un échantillon issu d’un environnement complexe clinique (Expectorations, Lavages broncho-alvéolaires) ou environnemental (océan, sols, air), etc.

Nous proposons un pipeline complet de séquençage : du design de votre projet jusqu’à l’analyse bio-informatique des données. Nous vous garantissons un accompagnement absolu de vos projets, la meilleure stratégie d’analyse : nécessité ou non d’enrichir préalablement la population à analyser, meilleure stratégie d’amplification, couverture, profondeur et coût, stratégie d’analyse de données et ce quelque-soit l’échantillon : de mauvaise qualité ou en faible quantité.

Nous vous garantissons la meilleure décision pour le meilleur résultat.

Acides nucléiques totaux provenant d’échantillons cliniques ou environnementaux.

• Aide au plan expérimental
• Extraction des acides nucléiques
• Construction des librairies pour séquençage court-fragments et/ou longs fragments, quantification et validation des librairies, séquençage courts fragments Illumina en paired-end et/ou longs fragments Nanopore MinION.
• Analyse primaire des données : génération des fichiers fastq et démultiplexage
• Analyse secondaire des données : liste des agents présents (souche ou espèce en fonction de l’approche)

• Rapport d’analyse
• Données brutes de séquençage
• Tableaux des résultats des agents bactériens, viraux, fungiques et autres présents