Séquençage et identification de SNP, InDel, de génomes viraux ou bactériens avec prédiction de leur impact sur la séquence protéique (DNA-seq ou RNA-seq)

Viroscan3D propose des prestations de suivi de génomes viraux ou bactérien par NGS Illumina court fragments et/ou Nanopore MinION longs fragments (DNA-seq ou RNA-seq) avec analyse de SNP et InDel et prédiction de leur impact sur la séquence protéique.
Nous proposons un pipeline complet, du design de l’étude jusqu’à l’analyse bio-informatique des données sur notre serveur de calcul, pour répondre à votre problématique.

Suivre la stabilité de génomes viraux ou bactériens après plusieurs passages en culture pour des souches d’intérêt de l’industrie pharmaceutique par exemple.

ADN (pour les virus ADN ou les bactéries) ou ARN (pour les virus ARN) provenant de surnageants viraux ou de cultures bactériennes.

• Aide au plan expérimental
• Extraction des acides nucléiques (ADN ou ARN)
• Construction des librairies pour séquençage court-fragments et/ou longs fragments, quantification et validation des librairies, séquençage courts fragments Illumina en paired-end et/ou longs fragments Nanopore MinION.
• Analyse primaire des données : génération des fichiers fastq et démultiplexage
• Analyse secondaire des données : Alignement des reads sur le génome de la souche d’intérêt, reconstruction avec génome référence ou de novo, reconstruction hybride courts fragments et longs fragments si nécessaire, analyse des SNPs et Indels par rapport au génome référence, prédiction de leur impact sur la séquence protéique.

• Rapport d’analyse
• Données brutes de séquençage
• Fichiers fasta du génome reconstruit
• Tableau listant les SNPs et Indels