Séquençage de surnageants cellulaires et analyse bioinformatique à partir de bases de données virales, bactériennes, fongiques ou personnalisées (DNA-seq et/ou RNA-seq)

Viroscan3D propose des prestations de recherche d’agents contaminants par NGS Illumina (DNA-seq et RNA-seq). Contrairement aux tests cellulaires in vitro et aux méthodes PCR, le séquençage NGS permet d’identifier et caractériser tous les agents contaminants présents dans un échantillon sans à priori.
Nous proposons un pipeline complet, du design de l’étude jusqu’à l’analyse bio-informatique des données sur notre serveur de calcul, pour répondre à votre problématique.

Rechercher la présence d’agents contaminants au sein de produits issus de l’industrie pharmaceutique ou cosmétique, tout au long du processus de production.

Acides nucléiques totaux provenant de lignées cellulaires, de master seed viral, de vecteurs viraux ou de produits finis pharmaceutiques ou cosmétiques.

• Aide au plan expérimental
• Extraction des acides nucléiques
• Construction des librairies pour séquençage court-fragments, quantification et validation des librairies, séquençage en paired-end.
• Analyse primaire des données : génération des fichiers fastq et démultiplexage
• Analyse secondaire des données : alignement des séquences sur des bases de données bactériennes, virales, fongiques ou personnalisées.

• Rapport d’analyse
• Données brutes de séquençage
• Tableaux des résultats des recherches d’agents contaminants selon les différentes bases de données