Analyse de la clonalité et de la stabilité de lignées cellulaires par microarrays et séquençage (INS-seq, DNA-seq)

Biosafety & QC

Viroscan3D propose des prestations d’analyse de la clonalité ou de la stabilité, ou l’identification d’espèce de lignées cellulaires par NGS Illumina court fragments et/ou Nanopore MinION longs fragments (INS-seq ou DNA-seq).
Nous proposons un pipeline complet, du design de l’étude jusqu’à l’analyse bio-informatique des données sur notre serveur de calcul, pour répondre à votre problématique.

Applications

Caractériser et analyser la stabilité de lignées cellulaires d’intérêt (clonalité, sites d’insertion, espèce) pour l’industrie pharmaceutique par exemple.

Icon biosafety & QC

Nature des échantillons traités

ADN génomique provenant de culture cellulaire.

Services

  • Aide au plan expérimental
  • Extraction ADN
  • Construction des librairies pour séquençage court-fragments et/ou longs fragments, quantification et validation des librairies, séquençage courts fragments Illumina en paired-end et/ou longs fragments Nanopore MinION.
  • Analyse primaire des données : génération des fichiers fastq et démultiplexage
  • Exemple d’analyse secondaire des données pour l’identification d’espèce : reconstruction des génomes d’intérêt sans génome de référence (reconstruction de novo), analyses phylogénétiques.

Livrables

  • Rapport d’analyse
  • Données brutes de séquençage
  • Fichiers fasta du génome reconstruit
  • Arbres phylogénétiques

Analysons ensemble
vos besoins.

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