Analyse de la clonalité et de la stabilité de lignées cellulaires par microarrays et séquençage (INS-seq, DNA-seq)

Viroscan3D propose des prestations de séquençage, reséquençage et séquençage de novo, de génomes viraux, bactériens, vaccinaux, fongiques (technologie NGS Illumina ; Nanopore) par  DNA-seq ou RNA-seq.

Nous proposons un pipeline complet, du design de l’étude de votre projet, au séquençage jusqu’à l’analyse bio-informatique des données  avec une sécurité absolue dans l’accompagnement de vos projets : nous analysons à notre charge la meilleure stratégie de réponse : nécessité ou non d’enrichir préalablement la population à analyser, meilleure stratégie d’amplification, couverture, profondeur et coût, stratégie d’analyse et ce quelque soit l’échantillon : de mauvaise qualité ou en faible quantité.

Nous vous garantissons la meilleure décision pour le meilleur résultat.

Caractériser et analyser la stabilité de lignées cellulaires d’intérêt (clonalité, sites d’insertion, espèce) pour l’industrie pharmaceutique par exemple.

ADN génomique provenant de culture cellulaire.

• Aide au plan expérimental
• Extraction ADN
• Construction des librairies pour séquençage court-fragments et/ou longs fragments, quantification et validation des librairies, séquençage courts fragments Illumina en paired-end et/ou longs fragments Nanopore MinION.
• Analyse primaire des données : génération des fichiers fastq et démultiplexage
• Exemple d’analyse secondaire des données pour l’identification d’espèce : reconstruction des génomes d’intérêt sans génome de référence (reconstruction de novo), analyses phylogénétiques.

• Rapport d’analyse
• Données brutes de séquençage
• Fichiers fasta du génome reconstruit
• Arbres phylogénétiques