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Enrichissement – Déplétion de génomes

Enrichissement et Déplétion de génomes

Le traitement d'échantillons complexes, faiblement représentés, peut nécessiter un traitement spécifique d'enrichissement et/ou de déplétion de séquences, afin d'enrichir les régions cibles à séquencer. ViroScan3D vous propose ses services d'enrichissement et de déplétion d'ARN ou ADN préalablement au séquençage.

  • Enrichissement de génomes viraux par traitement enzymatique
  • Enrichissement de génomes viraux, bactériens par capture-hybridation (kits d'enrichissement custom)
  • Séparation des ARN bactériens et des ARN de l'hôte
  • Enrichissement d'exomes par capture-hybridation
  • Déplétion des ARN ribosomiques
  • Déplétion des ARN de globine

 

  • Services d'analyse de séquençage de génomes viraux
  • Services d'analyse de données

 

Enrichissement d'échantillons par Traitement enzymatique (Dupinay_et al., 2012 ; 2013a ; 2014). Le séquençage de génomes viraux à partir de tissus infectés, présente la contrainte de la représentativité des génomes viraux très inférieure à celle du génome de hôte. En fonction des profondeurs de séquençage souhaitée, il peut s'avérer nécessaire d'enrichir les génomes viraux préalablement au séquençage. Dans ces travaux, dont l'objectif est de suivre la présence d'Hantavirus chez des rats communs, les particules virales sont enrichies par un traitement avec un cocktail de nucléases (RNase, DNase) après congélation-décongélation de tissus pulmonaires de rats. La quantité de séquences virales est enrichie de 6 fois. Nous avons obtenu un un total d'environ 1 million de séquences virales et 500 contigs (Séquençage HiSeq Illumina). Cet enrichissement nous a permis de détecter la présence d'un Hantavirus émergent de type Seoul avec une couverture des segments respectivement de 100% (segment S), 99.85% (segment L) et 99.2 (segment M).

Enrichissement de génomes viraux par capture-hybridation (Nguyen_2013a ; 2013b). Dans le cas de séquençage de génomes viraux connus, une alternative est l'enrichissement de génomes spécifiques par capture-hybridation à l'aide de sondes oligonucléotidiques spécifiques des génomes à  enrichir. Dans ces travaux, nous avons utilisé le système  SeqCap EZ library  (Roche Nimblegen) couplé à des sondes dirigées contre les virus HIV-1, HIV-2, HTLV-1, HTLV-2, HBV, HCV pour enrichir les génomes viraux correspondant directement à partir de cellules infectées. Nous obtenons des efficacités  allant jusqu'à 850x.