Pages Menu
Categories Menu

Pathogen Discovery

Pathogen Discovery

Les nouvelles technologies de génomique permettent d'identifier et caractériser de nouveaux agents qu'ils soient, bactériens, viraux ou autres, de caractériser des mutants, de résistance thérapeutique ou d'échappement vaccinaux.

ViroScan3D vous propose ses services :

  • Découverte et Caractérisation de ces nouveaux agents par DNAseq (Illumina),
  • Détection panvirale de virus humains et animaux par Panviral-Arrays (Roche-Nimblegen).

  • Séquençage complet de génomes viraux et bactériens (Illumina),
  • Séquençage d'amplicons viraux et bactériens (16S),
  • Identification de contaminants viraux ou bactériens par séquençage (Illumina)
  • Séquençage de viromes et microbiomes (Illumina),
  • Génotypage tout agent infectieux par séquençage NGS (Illumina),
  • Détection panvirale de virus humains et animaux par microarrays (Roche-Nimblegen)

Nous consulter

  • Production de virus respiratoires sur cultures cellulaires (conditions BSL2 et BSL3),
  • Réception des échantillons infectieux,
  • Concentration, purification des particules virales,
  • Enrichissement des génomes infectieux,
  • Purification des acides nucléiques viraux.

Caractérisation par Séquençage NGS de virus SEOV chez des rats commensaux (Dupinay et al., 2014) : Dans cette étude, nous avons montré, par séquençage NGS (PE 150 pb, MiSeq Illumina) de tissus pulmonaires de rats capturés en région Rhône-Alpes,  la présence de virus de type SEOV dont l’analyse phylogénique des séquences montre une inclusion de cette souche SEOV de Lyon, entre les souches originaires d’Asie du Sud-Est et une souche précédemment reportée en Belgique.

Analyse phylogénique et phylodynamique du virus SAFV (Ren et al., 2014) : Le séquençage du virus Saffold cardiovirus (SAFV), un cardiovirus humain comportant plus de 11 génotypes, réalisé à partir de prélèvements de fèces d’enfants de Beijing atteints de diarrhées a permis de retracer les multiples évènements de recombinaisons et de montrer  leurs rôles majeurs dans la diversité des SAFV.

Identification d’un nouveau virus TTMV (Galmes et al., 2013) : Un protocole de pathogen discovery par séquençage d'amplicons a été appliqué sur des prélèvements pleuraux d’enfants hospitalisés pour une sévère pneumonie et a permis d’identifier 3 nouveaux Torque teno mini virus (TTMV).

Identification de souches additionnelles d’EV-C104 chez des patients atteints d’infections respiratoires (Xiang et al., 2013) : Le séquençage d’amplicons de la partie 5’ non traduite de la région VP4/VP2 d’entérovirus humains, à partir de prélèvements nasaux de patients atteints d’infections respiratoires inférieures et supérieures a permis de révéler la présence du génotype C104 d'EV, suggérant une possible étiologie de cette souche avec les infections respiratoires.

Identification d’un nouveau reovirus de sérotype 2 à l’origine d’encéphalites (Ouattara et al., 2011): un nouveau reovirus de sérotype 2, MRV2Tou05, a été caractérisé chez des enfants présentant une encéphalite nécrosante aiguë. Cette nouvelle souche montre une homologie avec les souches porcines et humaines.