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Outils de Detection d’agents infectieux

Développement d'outils de détection d'agents infectieux

ViroScan3D vous propose également ses services de :

  • Développement d'outils de Détection de virus par FISH,
  • Développement d'outils de Génotypage de virus par  Viral-Arrays.
  • Développement d'outils de Génotypage et Quantification de virus par Multiplex-PCR

Ces développements incluent le Design de sondes virales, à partir de notre base panvirale "Viroscan™ " comprenant plus d'1 million de motifs olignonucléotidiques, non redondants, couvrant 97,9% de l'ensemble des isolats viraux humains et animaux et pré-sélectionnées sur la base des critères thermodynamiques : Tm ≥ 65°C, % de GC compris entre 40 et 60%, DG= <-32,5KJ, pas de répétitions > 10nt, d'hairpins > 11nt, de stretchs > 5 nt.

  • Design de sondes virales spécifiques,
  • Détection de virus par FISH, basée sur le design de sondes spécifiques à partir de la base Viroscan,
  • Génotypage de virus dont le virus HBV et les virus respiratoires par Viral-Arrays (Affymetrix) et par Multiplex-PCR (Luminex)
  • Quantification de virus, dont les virus respiratoires par Real-time PCR (Roche, Applied Biosystems)

  • Production de virus respiratoires sur cultures cellulaires (conditions BSL2 et BSL3),
  • Réception des échantillons infectieux,
  • Concentration, purification des particules virales,
  • Enrichissement des génomes infectieux,
  • Purification des acides nucléiques viraux.

Détection du virus DENV-2 par hybridation in situ (Raquin et al., 2012). Dans cette étude, nous avons sélectionné 3 sondes FISH de 60 nt  à partir  de la base panvirale viroscan™, sur les critères de spécificités des 4 sérotypes et utilisé ces 3 sondes pour révéler la présence d’ARN viral DENV-2 dans des glandes salivaires de moustiques Aedes albopictus, infectés expérimentalement ainsi que des cellules C6/36 infectées in vitro.

Développement d’une puce Affymetrix pour le génotypage d’HBV (Gauthier et al., 2010). Cet exemple montre le développement d'une puce à ADN Affymetrix pour le génotypage du virus de l’Hepatite B (HBV), qui permet de détecter les 8 génotypes (A-H) d’HBV et 994 mutations localisées dans 298 régions des gènes S, C, P et X dont 561 SNP additionnels.

Développement d'un test par multiplex RT-qPCR d'infections virales et bactériennes respiratoires aiguës  (Hoffmann et al., 2012). Cet autre exemple montre le développement et l'utilisation de multiplex RT-qPCR ciblant 18 virus et 2 souches bactériennes pour déterminer l'étiologie d'infections respiratoires à partir de collections prospectives de prélèvements respiratoires d’enfants de Madagascar.