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Genotypage

Génotypage de génomes entiers

L'analyse de génomes permet de caractériser des altérations structurales, chromosomiques et génétiques : variations du nombre de copies alléliques (CNV), réarrangements,  pertes d'hérozygoties (LOH), délétions-insertions (InDel),  polymorphismes (SNP),  de réaliser des études de liaisons et d'associations (WGAS).

ViroScan3D vous propose ses services :genotype-compose

  • Analyse intégrale de génomes entiers par reséquençage (DNAseq)
  • Analyse de génomes entiers par microarrays  et beadarrays (DNAarrays).

 

  • Identification des variations du nombre de copies alléliques (CNV),
  • Identification de réarrangements,  de délétions-insertions (InDel),
  • Identification de pertes d'hétérozygoties (LOH),  
  • Identification de polymorphismes (SNP),
  • Etude de liaisons et d'associations (WGAS).
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  • Préparation et traitement des échantillons : microdissection laser, purification des ac. nucléiques, enrichissement de séquences spécifiques,
  • Analyses de données : identification des InDel, SNP, NV, LOH.
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Génotypage de  tumeurs pituitaires par microarrays (Wierinckx et al., 2011). Dans cette étude, nous avons comparé l'analyse transcriptomique par microarrays (Puces expression Codelink) et le génotypage par microarrays (puces 6.0 Affymetrix) de 13 tumeurs pituitaires de type prolactine. Ces analyses comparatives  nous ont permis de montrer que le statut agressif de ces tumeurs est associé à une perte du bras p du chromosome 11 et une sous expression des gènes DGKZ, CD44, TSG101, GTF2H1 et HTATIP2, confirmée par RT-qPCR.

Génotypage de gliomes et Gliosarcomes par CGH (Kim_et al., 2011 ; Nagaishi et al., 2012). L'analyse par CGH (puces CGH Agilent) de 15 gliomes de grades II, triple négatifs pour les mutations IDH1/2 , TP53 et 1p/19q montre une perte des loci p14ARF, p15INK4b, p16INK4a du bras p21 du chromosome 9 (9p21) et du loci RB1 des bras q14 et q32 du chromosome 13 (13q14–13q32). Une analyse similaire de 13 gliosarcomes montre un gain des régions 13q13.3-q14.1 (log2 ratio >3.0), contenant les gènes STOML3, FREM2 et LHFP, confirmée par RTqPCR.

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Génotypage par DNAseq

Nos services de Génotypage par DNAseq vont du traitement des ac. nucléiques à l'obtention des données brutes et incluent :

  • Le design du séquençage en fonction de la profondeur et de la couverture nécessaires: nombre d'échantillons, nature des lectures (SR ou PE), taille des séquences (50 à 300 pb), degré multiplexage et technologies (HiSeq 2500, Miseq, NextGen).
  • Les dosages de quantité et contrôles de la qualité des ADN,
  • La construction des librairies à partir de génomes entiers,
  • La génération des clusters (cbot Illumina),
  • Le séquençage (HiSeq 2500, MiSeq Illumina ou NextSeq500),
  • L'acquisition des données comprenant : l'extraction des images, des intensités, des bases calling, le démultiplexage.
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Vous recevez :

  • Les contrôles qualités (QC) des ADN, des librairies,
  • Les contrôles de séquençage après le base calling comprenant la qualité des bases (intensité et densité des clusters), la qualité des séquences (nombre de séquences passant les filtres, valeurs de phasing et prephasing, % de perfect reads, taux d’erreur mesuré sur standard interne (PhiX), Qualité des bases (Q score),
  • Les contrôles de séquençage après le démultiplexage : qualité des bases et qualité des séquences par échantillon,
  • Les fichiers standards des SNP, InDel, CNV calls (fichier XLS).
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Nos services DNAarrays comprennent :

  • Le design du plan expérimental (nombre d'échantillons, réplicates),
  • Les contrôles qualité des ADN,
  • Le traitement des échantillons : amplification des cibles, marquage, hybridation des cibles sur arrays, les traitements post-hybridation,
  • Les puces Génome de la gamme Affymetrix, Agilent,  (Whole genome, CGH microarrays, SNP microarrays, CNV microarrays) et de la gamme Illumina (Omni Family microarrays, Infinium beadchips),
  • L'acquisition des signaux et la normalisation intra-puces des données.
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Vous recevez :

  • Les contrôles qualités (QC) des ADN, des marquages, des hybridations, les contrôles qualité des arrays et des hybridations,
  • Les données normalisées et non normalisées,
  • Les génotypes call et CNV calls.
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