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Génomes entiers – De novo

Séquençage de novo et Réséquençage de Génomes entiers

ViroScan3D vous propose ses services de :genomeDenovo

  • Reséquençage de génomes entiers et
  • Séquençage de nouveaux génomes (DNAseq De novo)

  • Réséquençage de génomes entiers,
  • Séquençage de sites d'insertions de virus endogènes, de transposons
  • Séquençage de novo de génomes entiers
  • Séquençage de métagénomes

  • Préparation et traitement des échantillons : microdissection laser, purification des ac. nucléiques, enrichissement de séquences spécifiques,
  • Analyses de données : alignement des reads sur séquence de référence, contigage et assemblage des contigs.

Nos services DNAseq vont du traitement des ac. nucléiques à l'obtention des données brutes et incluent :

  • Le design du séquençage, nature des lectures (SR, PE, Matepair, Custom), taille des séquences (150-300 pb), le degré multiplexage,
  • Les dosages de quantité et contrôles de la qualité des ADN,
  • La construction des librairies,
  • La génération des clusters (cbot Illumina),
  • Le séquençage (HiSeq 2500, Miseq, Nextseq),
  • L'acquisition des données comprenant : l'extraction des images, des intensités, des bases calling, le démultiplexage.

Vous recevez :

  • Les contrôles qualités (QC) des ADN, des librairies,
  • Les contrôles de séquençage après le base calling comprenant la qualité des bases (intensité et densité des clusters), la qualité des séquences (nombre de séquences passant les filtres, valeurs de phasing et prephasing, % de perfect reads, taux d’erreur mesuré sur standard interne (PhiX), la qualité des bases (Q score),
  • Les contrôles de séquençage après le démultiplexage : qualité des bases et qualité des séquences par échantillon,
  • Les fichiers de séquences.