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Exomes – Régions ciblées

Exomes, régions ciblées

L'analyse d'exomes ou de régions ciblées permet d'étudier les altérations structurales (InDel, SNP, etc.) à partir de génomes de complexités réduites.

ViroScan3D vous propose ses services :

  • Séquençage d'exomes et de régions ciblées
  • Génotypage par PCR

Génotypage par séquençage d'exomes, régions ciblées

Nos services de séquençage d'exomes ou autres régions ciblées vont du traitement des ac. nucléiques à l'obtention des données brutes et incluent :

  • Le design du séquençage en fonction de la profondeur et de la couverture nécessaires: nombre d'échantillons, nature des lectures (SR ou PE), taille des séquences (50 à 300 pb), degré multiplexage et technologies (HiSeq 2500, Miseq, NextGen).
  • Les dosages de quantité et contrôles de la qualité des ADN,
  • La construction des librairies incluant :
    • Enrichissement d'exomes par capture-hybridation (Agilent Sure Select Target Enrichment system, Roche Nimblegen SeqCap EZ system, Illumina Nextera Exome capture system)
    • Enrichissement de panels de gènes spécifiques (Illumina Trusight Sequencing Panels),
    • Enrichissement de régions spécifiques par amplicons  (Ilumina Truseq Amplicon, Haloplex Target Agilent Enrichment system)
  • La génération des clusters (cbot Illumina),
  • Le séquençage (HiSeq 2500, MiSeq Illumina ou NextSeq500),
  • L'acquisition des données comprenant : l'extraction des images, des intensités, des bases calling, le démultiplexage.
Déposez vos fichiers pour les mettre en ligne

Vous recevez :

  • Les contrôles qualités (QC) des ADN, des librairies,
  • Les efficacités des enrichissements,
  • Les contrôles de séquençage après le base calling comprenant la qualité des bases (intensité et densité des clusters), la qualité des séquences (nombre de séquences passant les filtres, valeurs de phasing et prephasing, % de perfect reads, taux d’erreur mesuré sur standard interne (PhiX), Qualité des bases (Q score),
  • Les contrôles de séquençage après le démultiplexage : qualité des bases et qualité des séquences par échantillon,
  • Les fichiers standards des SNP, InDel, CNV calls (fichier XLS).
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Génotypage par PCR

Nos services de Génotypage par PCR comprennent :

    • Le design du plan expérimental (nombre d'échantillons, réplicats),
    • Le design des oligonucléotides, des sondes
    • Les contrôles qualités des ADN,
    • Le traitement des échantillons : amplification des ADN, choix de différentes sondes fluorescentes (SYBR Green, TaqMan…), analyse sur gel,
    • L'acquisition des données
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