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Analyse Qualitative du Transcriptome

Analyse Qualitative du Transcriptome

L'analyse qualitative du transcriptome permet d'identifier des variants d'épissage, de nouveaux transcrits, de nouvelles isoformes, des ARN fusion,  les sites de jonction, de déterminer le brin matrice, les sites d'initiation et de terminaison de la transcription, ou encore d'identifier des polymorphismes (SNP) et editings au niveau des régions codantes (ARN).

Ces analyses peuvent être réalisées au niveau du génome par séquençage ou microarrays, et à un niveau plus ciblé par PCR.

ViroScan3 vous propose ses services :

transcriptQualitatif

  • Analyse globale et qualitative du transcriptome, par RNAseq (Illumina),
  • Analyse qualitative génome entier du transcriptome d'espèces connues et annotées, par RNAarrays sur puces exons
  •  Quantification de variants d'épissage  d'ARNm,  par RT-qPCR (Roche, Applied Biosystems).

  • Analyse globale et qualitative du transcriptome,
  • Analyse de l'Expression directionnelle  pour le séquençage de brin spécifique,
  • Identification de polymorphismes (SNP) et editings des ARN,
  • Identification de promoteurs et de sites de terminaison alternatifs,
  • Quantification de variants d'épissage,
  • Identification de biomarqueurs d'expression.
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  • Enrichissement des échantillons : Production virale sur cultures cellulaires, microdissection laser,
  • Préparation des échantillons : Purification des ac. nucléiques, enrichissement de séquences spécifiques, déplétion de séquences spécifiques,
  • Analyses de données : identification des variants d'épissage, des sites de jonctions, des promoteurs et des sites de terminaison.
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 Analyse qualitative du transcriptome de cellules infectées par HTLV-1 : (Thenoz M. et al., 2011). Dans cette étude, l'analyse qualitative du transcriptome de clones cellulaires issus de cultures clonales de patients HTLV-1 positifs, a été investiguée par microarrays (Exon Chip Human microarrays, Affymetrix). Sur 558 gènes cellulaires différentiellement exprimés, entre les CD4+ infectés et non infectés, 159 montrent des variants d'épissage : délétion d'exons, rétention d'introns, etc.

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Analyse qualitative du transcriptome par RNAseq

Nos services RNAseq vont du traitement des ac. nucléiques à l'obtention des données brutes et incluent :

  • Le design du séquençage en fonction de la profondeur et de la couverture nécessaires: nombre d'échantillons, nature (SR, PE) et taille des séquences, le degré de multiplexage.
  • Les dosages de quantité et contrôles de la qualité des ARN totaux,
  • La construction des librairies,
  • La génération des clusters (cbot Illumina),
  • Le séquençage,
  • L'acquisition des données comprenant : l'extraction des images, des intensités, des bases calling, le demultiplexage.
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Vous recevez :

  • Les contrôles qualités (QC) des ARN, des librairies, les contrôles de séquençage après le base calling comprenant la qualité des bases (intensité et densité des clusters),
  • La qualité des séquences (nombre de séquences passant les filtres, valeurs de phasing et prephasing, % de perfect reads, taux d’erreur mesuré sur standard interne (PhiX),
  • La qualité des bases (Q score)
  • Les contrôles de séquençage après le démultiplexage : qualité des bases et qualité des séquences par échantillon, présence d'agents contaminants potentiels (virus, bactéries, levures, etc.).
  • La représentation quantitative de chaque exon, de chaque isoformes (données XLS)
  • Les fichiers standard de séquences (format FASTQ et TXT).
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Analyse qualitative du transcriptome par RNAarrays

Nos services RNAarrays comprennent :

  • Le design du plan expérimental (nombre d'échantillons, réplicats),
  • Le contrôle qualité des ARN totaux,
  • Le traitement des échantillons : synthèse des ADNc, amplification des cibles (ARNc), marquage, hybridation des cibles sur puces ou billes, les traitements post-hybridation,
  • Les puces Expression exon et Genome entier de la gamme Affymetrix et Agilent (Whole transcript Expression Analysis),
  • L'acquisition des signaux et la normalisation intra-puces des données.
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Vous recevez :

  • Les contrôles qualités (QC) des ARN, ADNc, ARNc marqués, des hybridations, les contrôles qualités des puces et des hybridations (scatter-plots ,  nombre d'exons absents, nombre de d'exons présents, médianes et seuils, scaling factor, indices d'épissage, etc.),
  • Les donnés normalisées : (ex. Format XLS pour Affymetrix) et non normalisées (ex. Format CEL pour Affymetrix).
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Analyse qualitative du transcriptome par RT-PCR

 

Nos services RT-qPCR comprennent :

    • Le design du plan expérimental (nombre d'échantillons, réplicats),
    • Le design des oligonucléotides,
    • Les contrôles qualités des ARN totaux,
    • Le traitement des échantillons : amplification des ARN, synthèse des ADNc, choix de différentes sondes fluorescentes (SYBR Green, TaqMan…), analyse sur gel
    • L'acquisition des données (RQ manager1.2 ; DataAssist V1.0; Light cycler 4.1).
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Vous recevez :

Les résultats des produits d'amplification : taille, séquence, etc.

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