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Analyse Quantitative du Transcriptome

Analyse quantitative du Transcriptome

L'analyse quantitative du transcriptome permet d'identifier les gènes différentiellement exprimés et caractériser les voies géniques dérégulées. Ces analyses quantitatives peuvent être réalisées au niveau du génome entier par séquençage ou microarrays et à un niveau plus ciblé par PCR.

ViroScan3D vous propose ses services :

TranscriptomeQuantitatif

  • Analyse quantitative globale du transcriptome par RNAseq (Illumina) de tout organisme : procaryote, eucaryote, connu, annoté, non annoté, de novo
  • Analyse quantitative génome entier du transcriptome par RNAarrays : microarrays (Affymetrix) et beadarrays (Illumina) d'organismes connus et annotés : humain, rat, souris et autres espèces,
  • Quantification relative ou absolue d'ARNm, d'ARN viraux par RT-qPCR (Roche, Applied Biosytems).

  • Identification par RNAseq des gènes différentiellement exprimés chez tout organisme : procaryotes, eucaryotes, annotés ou non annotés,
  • identification par RNAarrays de gènes différentiellement exprimés chez des organismes connus et annotés : humain, rat, souris et autres espèces,
  • Quantification relative ou absolue d'ARNm, d'ARN viraux par RT-qPCR,
  • Recherche de biomarqueurs d'expression,
  • Identification des voies géniques dérégulées.
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  • Enrichissement des échantillons : amplification sur cultures cellulaires, microdissection laser,
  • Préparation des échantillons : purification des ac. nucléiques, enrichissement de séquences spécifiques, déplétion de séquences spécifiques,
  • Analyses de données : identification des gènes différentiellement exprimés, analyses statistiques, classements des gènes selon GO.
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Analyse du transcriptome de MDCC transduits (Durand_S. 2013): Les Cellules dendritiques dérivées de monocytes (MDDC) jouent un rôle clé dans la régulation du système immunitaire et sont la cible de nombreuses applications de thérapie génique utilisant des vecteurs lentiviraux. L'analyse du transcriptome (Codelink) de MDDCs transduits par un nouveau vecteur lentiviral en comparaison avec des MCCCs non transduits, nous a permis de montrer l'absence d'effets secondaires indésirables liées au processus de transduction et qui pourraient affecter la maturation ou la survie de ces cellules.

Analyse du transcriptome de cellules infectées par NiV (Mathieu_C. 2011Mathieu_C. 2012aMathieu_C. 2012b): Le virus Nipah ( NIV) est un paramyxovirus émergent de niveau IV, dont les cibles cellulaires majeures d'infection sont des cellules endothéliales et les neurones. Pour mieux comprendre la pathobiologie de ce virus,  l'analyse du transcriptome de cellules humaines primaires endotheliales infectées et non infectées par des virus sauvage et mutants (protéine C) a été réalisé par microarrays (Codelink).  Cette analyse a montré que l'infection par un virus sauvage induit fortement la voie de l'interféron et une surexpression de la chimiokine CXCL10 (un chimioattractant impliqué dans la réponse immune inflammatoire et la neurotoxicité) et que la protéine C induit une régulation de l'expression de cytokines pro-inflammatoires.

Analyse du transcriptome de cellules CD8+ de patients infectés par l'HTLV-1 : (Zane L. 2011):  L'analyse transcriptomique par microarrays (Codelink) de clones CD8 + de patients infectés sans malignité, par le virus HTLV-1 a montré une dérégulation de gènes cellulaires impliqués dans la voie anti-apototique médiée par Fas 9 et suggérant une résistance à la mort cellulaire.

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Analyse quantitative du transcriptome par RNAseq

Nos services RNAseq vont du traitement des ac. nucléiques à l'obtention des données brutes et incluent :

  • Le design du séquençage en fonction de la profondeur et de la couverture nécessaires: nombre d'échantillons, nature des lectures (SR ou PE), taille des séquences (50 à 300 pb), degré de multiplexage et technologies (HiSeq 2500, Miseq, NextSeq500).
  • Les dosages de quantité et contrôles de la qualité des ARN totaux,
  • La construction des librairies (directionnelles ou non directionnelles, SR ou PE),
  • La génération des clusters (cbot Illumina),
  • Le séquençage (HiSeq 2500, MiSeq Illumina ou NextSeq500),
  • L'acquisition des données comprenant : l'extraction des images, des intensités, des bases calling, le démultiplexage.
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Vous recevez :

  • Les contrôles qualités (QC) des ARN, des librairies, les contrôles de séquençage après le base calling comprenant la qualité des bases (intensité et densité des clusters),
  • La qualité des séquences (nombre de séquences passant les filtres, valeurs de phasing et prephasing, % de perfect reads, taux d’erreur mesuré sur standard interne (PhiX),
  • La qualité des bases (Q score)
  • Les contrôles de séquençage après le démultiplexage : qualité des bases et qualité des séquences par échantillon, présence d'agents contaminants potentiels (virus, bactéries, levures, etc.).
  • Les fichiers standard de séquences (format FASTQ et TXT).
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Analyse quantitative du Transcriptome par RNAarrays

Nos services RNAarrays comprennent :

  • Le design du plan expérimental (nombre d'échantillons, réplicats),
  • Les contrôles qualité des ARN totaux,
  • Le traitement des échantillons : synthèse des ADNc, amplification des cibles (ARNc), marquage, hybridation des cibles sur puces ou billes, les traitements post-hybridation,
  • Les puces expression de la gamme Affymetrix, Agilent (Gene expression, 3' IVT Expression, Whole Genome Expression, HTA) et les billes expression de la gamme Illumina (Expression, Whole Genome DASL),
  • L'acquisition des signaux et la normalisation intra-puces des données.
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Vous recevez :

  • Les contrôles qualités (QC) des ARN, ADNc, ARNc marqués, les contrôles qualités des puces et des hybridations (scatter-plots ,  nombre de gènes absents, nombre de gènes présents, médianes et seuils, scaling factor, etc.),
  • Les donnés normalisées : (ex. Format XLS pour Affymetrix) et non normalisées (ex. Format CEL pour Affymetrix).
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Analyse quantitative du transcriptome par RT-qPCR

Nos services de quantification ciblée d'ARNm par RT-PCR  comprennent :

  • Le design du plan expérimental (nombre d'échantillons, réplicats),
  • Les contrôles qualité des ARN totaux,
  • Le traitement des échantillons : synthèse des ADNc, pré-amplification (optionnelle), amplification des cibles et détection par RT-PCR (Roche, Applied)
  • L'acquisition des signaux et la normalisation données.
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Vous recevez :

  • Les courbes de fusion, les courbes d’efficacité,
  • Un tableau de quantification relative normalisée /gène de référence avec correction de l’efficacité (ratio normalisé ) ou de quantification absolue/standard externe.
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