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Analyse du Régulome

Analyse du Régulome

Les nouvelles technologies de génomique permettent d'analyser le Régulome, impliquant les interactions protéines-ADN ou protéines-ARN, l'acétylation des histones (Acétylome), les miRNA (miRNome) et les méthylations (méthylome).

Ces analyses peuvent être réalisées au niveau du génome entier par séquençage ou microarrays et à un niveau plus ciblé par PCR.

ViroScan3D vous propose ses services d'analyse du Régulome :regulome

  • Analyse des interactions protéines-ADN, protéines-ARN et analyse de l'acétylome par Reséquençage après immunoprécipation (IP) de l'ADN (ChIPseq),
  • Analyse des interactions protéines-ADN, protéines-ARN et acétylome par microarrays (ChIPchip)
  • Analyse ciblée de régions par PCR en temps reel (ChIPPCR)

  • Identification des sites de liaison protéines-ADN, protéines-ARN
  • Identification des sites de liaison des facteurs de transcription au niveau des promoteurs
  • Cartographie de nucléosomes

  • Design du plan expérimental,
  • Analyse de données : Alignements à une séquence de référence, calcul de la profondeur et de la couverture de séquençage, localisation et comparaison des régions d'interaction entre échantillons, identification des régions enrichies, intégration avec des données de transcriptome, interrogation et construction de bases de données, etc.

Identification, par ChIPchip sur puces promoteurs, des promoteurs cellulaires réprimés par la protéine MBD2  (Perriaud et al., 2014) : La protéine MBD2, (Methyl-CpG-Binding Domain protein 2) réprime l'expression de gènes cellulaires par recrutement de complexes remodelant la chromatine. Pour identifier les gènes cellulaires réprimés par cette protéine, le transcriptome de cellules MRC5 déplétées par RNAi pour l'expression de MBD2 a été réalisé par microarray (Codelink) et comparée à l'analyse par ChIPchip des promoteurs (Puces promoteur 2.0 Affymetrix). Une interaction directe de la protéine MBD2 a été mise en évidence au niveau de régions CpG des promoteurs cellulaires uprégulés par MBD2.

Des analyses similaires par ChIPchip de 25 000 promoteurs (Puces promoteur 2.0 Affymetrix) réalisées à partir de cellules Hela (Chatagnon et al., 2011 ; Chatagnon et al.,_2009) ont également permis de montrer la fixation préférentielle de MBD2 au niveau de régions promoteurs sureprésentées en CpG méthylés, suggérant un rôle de MBD2 dans la répression de la transcription.

Identification, par ChIPchip sur puces Tiling des sites d'acétylation de nucléosomes (Nagarajan et al., 2010). L'immunoprécipitation et la cartographie de 58 694 nucléosomes sur puces Tiling Levure (Affymetrix) a permis de montrer que 5 442 d'entre eux diffèrent quant à leur niveau d'acétylation de la séquence H3K14, une séquence épigénomique de la lysine 14 de l'histone 3.

Analyse du Régulome par ChIPseq

 

Nos services vont du traitement des ADN à l'obtention des données primaires et incluent :

  • Le design expérimental
  • Les contrôles qualités des ADN immunoprécipités,
  • Les contrôles qualités des enrichissements par PCR
  • La construction des librairies (SR, PE, indexé pour multiplexage),
  • La génération des clusters (cbot Illumina) et le séquençage (HiSeq 2500 ou MiSeq Illumina)
  • L'acquisition des données comprenant : l'extraction des images, des intensités et des bases calling.

Vous recevez :

  • Les contrôles qualités (QC) des ADN immunoprécipités, les contrôles qualités et efficacités des enrichissements, les contrôles qualités des librairies.
  • Les contrôles de séquençage : qualité des bases (intensité et densité des clusters), qualité des séquences (nombre de séquences passant les filtres, valeurs de phasing et prephasing, % de perfect reads, taux d’erreur mesuré sur standard interne (PhiX), qualité des bases (Q score).
  • Les contrôles de séquençage après le démultiplexage : qualité des bases et qualité des séquences par échantillon.
  • Un rendu des résultats comprenant les fichiers standards de séquences (format FASTQ et TXT).

Analyse du Régulome par ChIPchip

Nos services vont du traitement des ac. nucléiques à l'obtention des données primaires et incluent :

  • Les contrôles qualités des ADN immunoprécipités.
  • Les contrôles qualités des enrichissements par PCR.
  • Le traitement des échantillons : marquage, hybridation des cibles ADN sur puces Promoter 2.0R ou Tiling 1.0R (Affymetrix), puces promoter (Agilent)  et traitements post-hybridation.
  • L'acquisition des données primaires non normalisées.

Vous recevez :

  • Les contrôles qualités (QC) des ADN immunoprécipités, les contrôles qualités des enrichissements et des traitements par le  bisulfite et les contrôles qualités des ADN marqués, des hybridations, des puces.
  • Les donnés primaires non normalisées (Format TXT ou CEL pour Affymetrix).

Analyse du Régulome par ChIPPCR

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