Pages Menu
Categories Menu

Analyse du Methylome

Les nouvelles technologies de génomique permettent d'analyser le Méthylome de n'importe quel organisme, au niveau global par séquençage ou microarrays à un niveau plus ciblé par PCR.

ViroScan3D vous propose ses services d'analyse de l'Epigénome :Epigenome

  • Analyse par Reséquençage après immunoprécipation (IP) de l'ADN (MeDIPseq) ou Reséquençage de l'ADN après traitement bisulfite (BSseq, RRBS, Methyl Seq).
  • Analyse par microarrays  (MeDIPchip) ou beadarrays après traitement bisulfite (BSarrays),
  • Analyse ciblée de régions méthylées par PCR en temps reel (MeDIPPCR, MSP, HRM).

  • Identification des régions CpG méthylées au niveau du génome (WGBS)
  • Etudes de liaisons et d'associations (EWAS)
  • Identification des régions CpG méthylées sur génomes de complexités réduites (RRBS)
Déposez vos fichiers pour les mettre en ligne

  • Design du plan expérimental,
  • Traitement des échantillons* : traitement bisulfite, enrichissement par capture-hybridation, enrichissement par coupure enzymatique
  • Analyse de données : alignements à une séquence de référence, calcul de la profondeur et de la couverture de séquençage, localisation et comparaison des régions CpG méthylées entre échantillons (séquences promotrices associées, séquences codantes adjacentes, introns), identification des régions enrichies, intégrations avec des données de transcriptome, interrogation et construction de bases de données, etc.

* Nous ne prenons pas en charge les étapes d'immunoprécipitation

Déposez vos fichiers pour les mettre en ligne

Identification, par MedIPchip sur puces promoteurs, des promoteurs cellulaires réprimés par la protéine MBD2  (Perriaud et al., 2014) : La protéine MBD2, (Methyl-CpG-Binding Domain protein 2) réprime l'expression de gènes cellulaires par recrutement de complexes remodelant la chromatine. Pour identifier les gènes cellulaires réprimés par cette protéine, le transcriptome de cellules MRC5 déplétées par RNAi pour l'expression de MBD2 a été réalisé par microarray (Codelink) et comparée à l'analyse par ChIPchip des promoteurs (Puces promoteur 2.0 Affymetrix). Une interaction directe de la protéine MBD2 a été mise en évidence au niveau de régions CpG des promoteurs cellulaires uprégulés par MDD2.

Une analyse similaire par ChIPchip de 25 000 promoteurs (Puces promoteur 2.0 Affymetrix) réalisée à partir de cellules Hela (Chatagnon et al., 2011 ; Chatagnon et al.,_2009) a permis de montrer la fixation préférentielle de MBD2 au niveau de régions promoteurs sureprésentées en CpG méthylés, suggérant un rôle de MBD2 dans la répression de la transcription.

Déposez vos fichiers pour les mettre en ligne

Analyse de l'Epigenome par Séquençage NGS

 Nos services BSseq et RRBS vont du traitement des ADN à l'obtention des données primaires et incluent :

  • Le design expérimental
  • Les contrôles qualités des ADN
  • Les contrôles d'efficacité du traitement bisulfite (rendements de conversion)
  • Les contrôles qualités des digestions enzymatiques Msp1 (pour le RRBS)
  • La construction des librairies (SR, PE, indexé pour multiplexage),
  • La génération des clusters (cbot Illumina) et le séquençage (HiSeq 2500 ou MiSeq Illumina)
  • L'acquisition des données comprenant : l'extraction des images, des intensités et des bases calling

Nos services MeDIPseq et Methylseq incluent :

  • Le design expérimental
  • Les contrôles qualités des ADN
  • Les contrôles qualités des enrichissements par PCR
  • La construction des librairies (SR, PE, indexé pour multiplexage),
  • La génération des clusters (cbot Illumina) et le séquençage (HiSeq 2500 ou MiSeq Illumina)
  • L'acquisition des données comprenant : l'extraction des images, des intensités et des bases calling
Déposez vos fichiers pour les mettre en ligne

Analyse de l'Epigenome par Arrays

Vous recevez :

  • Les contrôles qualités (QC) des ADN immunoprécipités (MeDIPchip)
  • Les contrôles qualités des enrichissements (Methylchip) et des traitements par le  bisulfite (Methylchip)
  • Les contrôles qualités des ADN marqués, des hybridations, des puces
  • Les donnés primaires non normalisées (Format TXT ou CEL pour Affymetrix)
Déposez vos fichiers pour les mettre en ligne

Analyse ciblée de régions méthylés par MeDIPPCR

Consulter nos services PCR