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Données de Biomarker Discovery

Données de "Biomarker Discovery"

network ViroScan3D vous propose toute cette gamme de prestations d'analyse de données:

  • Données de Transcriptome, Variants d'épissage, miRNome
  • Données de Génotypage, d'Epigénome
  • Analyses statistiques, analyses PCA
  • Classements, visualisations graphiques
  • Analyses biologiques : Enrichissement selon GO, Interrogation de réseaux canoniques et non canoniques, Construction de voies de signalisation

Données de transcriptome

  • Normalisation des données entre plusieurs échantillons,
  • Visualisation des signaux par scatter-plot,
  • Comparaison d’expression entre échantillons : Identification gènes différentiellement exprimés,
  • Tri statistiques des données multi-critères - Analyses composantes principales (PCA),
  • Classements, Regroupement des données, Représentations graphiques (classements, construction d’arbres hiérarchiques, K-means),
  • Localisation chromosomique,
  • Recherche de signaux régulateurs,
  • Analyse d’enrichissement des fonctions moléculaires et fonctions biologiques selon GeneOntology (GO),
  • Intégration des données dans les voies de signalisation canoniques,
  • Intégration des données dans les réseaux géniques (pathways and networks),
  • Comparaison et Intégration des données avec les données de la littérature,
  • Intégration des données avec d’autres données (miRNome, génotypage, épigénome, régulome),
  • Recherche de signatures moléculaires, de marqueurs moléculaires (études cliniques supervisées ou non supervisées).

Données de variants d'épissage

  • Normalisation des données entre échantillons,
  • Recherche des variants d’épissage,
  • Recherche de promoteurs alternatifs,
  • Recherche de site de polyadénylation alternatifs,
  • Visualisation des données.

Données de miRNome

  • Normalisation des données entre échantillons,
  • Visualisation des signaux par scatter-plot,
  • Comparaison d’expression de miRNA entre échantillons : Identification des miRNA différentiellement exprimés,
  • Recherche des gènes cellulaires potentiellement cibles des miRNA (interrogation des bases mirRWalk, miRAnda, Pictar, TargetScan, etc.).

Données de Génotypage

  • Normalisation des données (CNV) entre échantillons,
  • Analyse statistiques des données,
  • Recherche des variations du nombre de copies alléliques (CNV),
  • Analyse des pertes d’hétérozygoties (LOH),
  • Recherche d’insertions, délétions (InDel),
  • Identification de gènes fusion
  • Recherche de polymorphismes (SNP),
  • Localisation chromosomique des InDel, des CNV, des SNP,
  • Pédigrées,
  • Visualisation des données,
  • Intégration des données avec d’autres données (transcriptome, miRNome, Epigenome, Regulome, etc.),
  • Etude de liaisons (genome wide association studies WGAS).

Données d'Epigenome

  • Normalisation des données entre échantillons,
  • Comparaison des niveaux de méthylation entre échantillons,
  • Analyse statistiques des données,
  • Localisation chromosomique des régions CpG méthylées (promoteurs, introns, séquences codantes adjacentes),
  • Recherche de signaux régulateurs
  • Visualisation des données,
  • Analyse ciblée de promoteurs, séquences codantes adjacentes,
  • Intégration des données avec d’autres données (miRNome, transcriptome, Genotypage, etc.)
  • Interrogation de bases de données,
  • Etude de liaison : Epigenome wide association studies EWAS.